实验教学中心实行校/院两级管理体制，学校向中心投入运行经费及专项建设费，学院负责中心运行和管理；中心实行主任负责制，中心主任由学校聘任，明确任期目标责任，定期考核。

中心下辖福建省光电信息材料与器件重点实验室、光电信息技术工程研究中心、激光技术实验室、光纤技术实验室、光信息综合实验室、光电科技创新实验室等19个实验室，各实验室分设专职主管教师一名，负责本实验室建设和维护。在管理措施方面，中心制订了完备的规章制度，有力地促进了中心的规范运行。另外中心各实验室教学资源实施统筹调配,资源共享，使用效益高。

中心建设与学科专业建设紧密结合，教研室与实验室共同负责实验中心的建设与实验教学工作。按照教学计划要求完成基础课实验教学任务，同时积极开展实验教学课程体系、内容、理论和实验方法、手段的研究。